Dipicu oleh kegalauan batin serta keingintahuannya yang besar terhadap masalah kejiwaan dan kebahagiaan, Ki Ageng memilih menanggalkan status kepangeranannya beserta semua fasilitas kemewahan yang ia miliki. Ia memilih meninggalkan kraton untuk mencari hakekat hidup, mengamati dan meneliti perjalanan serta pengalaman hidupnya sendiri, sambil mengembangkan pengetahuan mengenai jiwa manusia yang kemudian melahirkan ilmu yang ia namakan Kawruh Jiwa, ilmu atau pengetahuan tentang jiwa manusia.